1.conda安装xpclr
首先安装流程很轻松
conda create -n xpclr -c bioconda xpclr
conda activate xpclr
xpclr -h
2.按照要求准备文件
XPCLR - 简书 (jianshu.com)
根据教程准备文件，vcf，计算好的map，以及样本文件txt
其实官网也有介绍
3.使用软件计算xpclr
for k in {1..3}; do
xpclr
--out chr${k}
--format vcf
--input gwas.phased${k}.vcf
--samplesA g4.txt
--samplesB g8.txt
--map g2_new${k}.map
--chr ${k}
--size 500
--step 500; done在这里遇到了第一个报错：
这个报错很好解决，网上有解决教程，Python版的xpclr的艰辛debug之旅 - 简书 (jianshu.com)
根据这篇文章，在这个网站里面GitHub - xuzhougeng/xpclr: Code to compute the XP-CLR statistic to infer natural selection
把这个的地方给改了，再次运行。
它一直在输出。需要等待一会，中途会有log文件报错，应该不影响计算结果
结果可以看到文件
补充一点：
选择信号分析XP-CLR原版Python版使用简介，特别提示窗口是遗传距离，需要根据不同物种修改 (qq.com)
可以看这个，这个参数可以加上去，比计算xpehh的map文件多了两个00
4.结果解读
有一些数据缺失，比起用原版来说
有一些可以参考和理解的文章
群体遗传分析必备教程：使用vcftools等工具批量计算Pi、Fst、TajimaD、XP-CLR的方法与脚本 (qq.com)