【2】分子动力学模拟 + 数据处理程序
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freud 程序: 用于原子模拟数据的高通量分析
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HBCalculator 程序：通过 VMD 可计算分子动力学模拟中氢键密度和强度的一维和二维分布
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DensityCalculator 程序（1D & 2D）：通过 VMD 可计算 LAMMPS 轨迹的密度（一）
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分子动力学模拟—LAMMPS 模拟（固体和液体）数据后处理软件（六）: mdapy
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分子动力学模拟—LAMMPS 液体模拟数据后处理软件（五）: LiquidLib
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分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件（四）: Lindemann Index
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H-A键对分析程序strfac ：分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件（三）
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分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件（二）
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分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件
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LAMMPS 文献：使用两相法计算熔化温度的软件（二）
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LAMMPS 文献：使用两相法自动计算熔化温度的软件（一）
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键序参数分析程序——Bond Order Parameters
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一个用于分析轨迹文件（LAMMPS）的VMD插件：可分析数密度、质量、电荷和电子分布
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晶体结构轨迹（VASP、LAMMPS）分析后处理程序 ISAACS
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安装教程：结构轨迹后处理程序ISAACS
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TPMD 程序：利用分子动力学轨迹研究速率过程并进行温度编程分子动力学计算的工具包
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【程序分析】用于任意表面上的粒子组装的基于物理的曲面细分算法
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