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在Linux中禁用root用户的直接SSH登录是为了增强系统的安全性，因为允许root用户通过SSH远程登录会增加服务器被暴力破解的风险。以下是在Linux系统中禁止root用户直接SSH登录的步骤：

1. 编辑SSH配置文件：
   打开/etc/ssh/sshd_config文件，通常使用文本编辑器如vi、nano或emacs进行编辑。

sudo vi /etc/ssh/sshd_config

2. 修改配置项：
   在sshd_config文件中找到PermitRootLogin这一行，将该行内容改为no或添加此行（如果不存在的话）：

# 禁用root用户通过密码验证登录SSH服务
PermitRootLogin no

3. 仅允许密钥认证：
   如果你希望进一步加强安全措施，可以禁止所有用户的登录密码，只允许基于公钥-私钥对的密钥认证。为此，请找到PasswordAuthentication选项并将其设置为no。

PasswordAuthentication no

确保在此之前已为其他非root管理员用户设置了SSH密钥对，并在服务器上的~/.ssh/authorized_keys文件中添加了他们的公钥。

4. 重启SSH服务：
   修改完配置后，需要重启SSH服务以使更改生效。不同Linux发行版可能有不同的命令来重启服务：

# 对于systemd系统（例如Ubuntu 15.04及以后版本，CentOS 7等）：
sudo systemctl restart sshd# 对于sysvinit或者Upstart系统（例如Ubuntu 14.04及以前版本，CentOS 6等）：
sudo service sshd restart

综上所述：
完成以上步骤后，root用户将不能直接通过SSH登录。如果你仍然需要具有root权限操作服务器，可以通过普通用户登录然后使用sudo或su命令切换至root账户。同时，强烈建议为所有用户启用两步验证或多因素认证以提高安全性。