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代码来自：GitHub - ChuHan89/WSSS-Tissue

借助了一些人工智能

2_generate_PM.py

功能总结

该代码用于 生成弱监督语义分割（WSSS）所需的伪掩码（Pseudo-Masks），是 Stage2 训练的前置步骤。其核心流程为：

1. 加载 Stage1 训练好的分类模型（支持 CAM 生成）。

2. 为不同层次的特征图生成伪掩码（如 b4_5, b5_2, bn7 对应的不同网络层）。

3. 保存伪掩码图像，使用调色板将类别标签映射为彩色图像。

代码解析

1. 导入依赖库

import os
import torch
import argparse
import importlib
from torch.backends import cudnn
cudnn.enabled = True  # 启用CUDA加速
from tool.infer_fun import create_pseudo_mask  # 自定义函数：生成伪掩码

• 关键依赖：

  • cudnn.enabled = True：启用 cuDNN 加速，优化 GPU 计算性能。

  • create_pseudo_mask：核心函数（用户需参考其实现），负责生成并保存伪掩码。

2. 主函数与参数解析

if __name__ == '__main__':# 定义命令行参数parser = argparse.ArgumentParser()parser.add_argument("--weights", default='checkpoints/stage1_checkpoint_trained_on_bcss.pth', type=str)parser.add_argument("--network", default="network.resnet38_cls", type=str)parser.add_argument("--dataroot", default="datasets/BCSS-WSSS/", type=str)parser.add_argument("--dataset", default="bcss", type=str)parser.add_argument("--num_workers", default=8, type=int)parser.add_argument("--n_class", default=4, type=int)args = parser.parse_args()print(args)  # 打印参数列表

• 参数说明：

  • --weights：Stage1 训练好的模型权重文件路径（默认指向 BCSS 数据集）。

  • --network：网络结构定义文件（如 network.resnet38_cls）。

  • --dataroot：数据集根目录（包含训练/测试数据）。

  • --dataset：数据集标识（bcss 或 luad）。

  • --n_class：类别数量（BCSS 为 4 类，LUAD 可能不同）。

3. 定义调色板（颜色映射）

    if args.dataset == 'luad':palette = [0]*15  # 初始化长度为15的列表（每类3个RGB通道）palette[0:3] = [205,51,51]    # 类别1：红色palette[3:6] = [0,255,0]      # 类别2：绿色palette[6:9] = [65,105,225]   # 类别3：蓝色palette[9:12] = [255,165,0]   # 类别4：橙色palette[12:15] = [255, 255, 255]  # 背景或未标注区域：白色elif args.dataset == 'bcss':palette = [0]*15palette[0:3] = [255, 0, 0]    # 类别1：红色palette[3:6] = [0,255,0]      # 类别2：绿色palette[6:9] = [0,0,255]      # 类别3：蓝色palette[9:12] = [153, 0, 255] # 类别4：紫色palette[12:15] = [255, 255, 255]  # 背景：白色

• 作用：将类别标签映射为 RGB 颜色，用于伪掩码的可视化。

• 细节：

  • 每个类别占 3 个连续位置（RGB 通道）。

  • palette[12:15] 可能表示背景或未标注区域。

  • 不同数据集使用不同的颜色方案（如 BCSS 用紫色表示第4类）。

4. 创建伪掩码保存路径

    PMpath = os.path.join(args.dataroot, 'train_PM')  # 路径示例：datasets/BCSS-WSSS/train_PMif not os.path.exists(PMpath):os.mkdir(PMpath)  # 若目录不存在则创建

• 目的：在数据集根目录下创建 train_PM 文件夹，用于保存生成的伪掩码。

5. 加载模型

    model = getattr(importlib.import_module("network.resnet38_cls"), 'Net_CAM')(n_class=args.n_class)model.load_state_dict(torch.load(args.weights), strict=False)model.eval()  # 设置为评估模式（禁用Dropout等随机操作）model.cuda()  # 将模型移至GPU

• 关键步骤：

  • 动态加载模型：从 network.resnet38_cls 模块加载 Net_CAM 类（支持 CAM 生成的变体）。

  • 加载权重：使用 Stage1 训练好的模型参数（strict=False 允许部分参数不匹配）。

  • 评估模式：关闭 BatchNorm 和 Dropout 的随机性，确保结果一致性。

6. 生成多级伪掩码

    ##fm = 'b4_5'  # 特征模块名称（可能对应网络中的某个中间层）savepath = os.path.join(PMpath, 'PM_' + fm)  # 保存路径：train_PM/PM_b4_5if not os.path.exists(savepath):os.mkdir(savepath)create_pseudo_mask(model, args.dataroot, fm, savepath, args.n_class, palette, args.dataset)## 重复相同流程生成其他层级的伪掩码fm = 'b5_2'savepath = os.path.join(PMpath, 'PM_' + fm)if not os.path.exists(savepath):os.mkdir(savepath)create_pseudo_mask(model, args.dataroot, fm, savepath, args.n_class, palette, args.dataset)##fm = 'bn7'savepath = os.path.join(PMpath, 'PM_' + fm)if not os.path.exists(savepath):os.mkdir(savepath)create_pseudo_mask(model, args.dataroot, fm, savepath, args.n_class, palette, args.dataset)

• 功能：针对不同特征模块（fm）生成伪掩码，保存到对应子目录。

• 关键参数：

  • fm：特征模块标识，可能对应网络中的不同层（如 ResNet 的 block4、block5 或 bottleneck）。

  • create_pseudo_mask：核心函数，推测其功能为：

    1. 加载训练集图像。

    2. 使用模型提取指定层的特征图。

    3. 生成类别激活图（CAM）。

    4. 根据阈值将 CAM 转换为二值伪掩码。

    5. 应用调色板将掩码保存为彩色 PNG 图像。

代码执行示例

python generate_pseudo_masks.py \--dataset bcss \--dataroot datasets/BCSS-WSSS/ \--weights checkpoints/stage1_checkpoint_trained_on_bcss.pth

• 输出：在 datasets/BCSS-WSSS/train_PM/ 下生成三个子目录：

  • PM_b4_5：基于 b4_5 层特征的伪掩码。

  • PM_b5_2：基于 b5_2 层特征的伪掩码。

  • PM_bn7：基于 bn7 层特征的伪掩码。

总结

该代码是弱监督语义分割流程中 生成多级伪掩码的关键步骤，利用 Stage1 训练的分类模型提取不同层级的特征，生成伪标签供 Stage2 的分割模型训练。通过多级伪掩码的融合，可以提升最终分割结果的精度和鲁棒性。

3_train_stage2.py

功能总结

该代码是弱监督语义分割（WSSS）的 Stage2 训练与测试脚本，核心功能为：

1. 训练分割模型：基于 DeepLab v3+ 架构，使用 Stage1 生成的伪掩码（Pseudo-Masks）进行监督训练。

2. 验证与测试：评估模型在验证集和测试集上的性能（如 mIoU、像素准确率等）。

3. 门控机制（Gate Mechanism）：在测试阶段结合 Stage1 的分类结果过滤分割预测，提升精度。

4. 多任务损失：融合不同层次伪掩码的损失（主伪掩码 + 两种增强版本）。

代码结构

# 1. 依赖库导入
import argparse, os, numpy as np
from tqdm import tqdm
import torch
from tool.GenDataset import make_data_loader
from network.sync_batchnorm.replicate import patch_replication_callback
from network.deeplab import *
from tool.loss import SegmentationLosses
from tool.lr_scheduler import LR_Scheduler
from tool.saver import Saver
from tool.summaries import TensorboardSummary
from tool.metrics import Evaluator# 2. 定义训练器类
class Trainer(object):def __init__(self, args): ...  # 初始化模型、数据、优化器等def training(self, epoch): ...  # 训练一个epochdef validation(self, epoch): ...  # 验证集评估def test(self, epoch, Is_GM): ...  # 测试集评估（支持门控机制）def load_the_best_checkpoint(self): ...  # 加载最佳模型# 3. 主函数
def main(): ...  # 解析参数、启动训练if __name__ == "__main__":main()

关键代码解析

1. Trainer 类初始化

class Trainer(object):def __init__(self, args):self.args = args# 初始化日志记录与模型保存工具self.saver = Saver(args)  # 保存模型检查点self.summary = TensorboardSummary('logs')  # TensorBoard日志self.writer = self.summary.create_summary()# 数据加载kwargs = {'num_workers': args.workers, 'pin_memory': False}self.train_loader, self.val_loader, self.test_loader = make_data_loader(args, **kwargs)# 模型定义（DeepLab v3+）self.nclass = args.n_classmodel = DeepLab(num_classes=self.nclass,backbone=args.backbone,  # 骨干网络（如ResNet）output_stride=args.out_stride,  # 输出步长（控制特征图分辨率）sync_bn=args.sync_bn,  # 多GPU同步BatchNormfreeze_bn=args.freeze_bn  # 冻结BN层参数)# 优化器配置（分层学习率）train_params = [{'params': model.get_1x_lr_params(), 'lr': args.lr},  # 骨干网络低学习率{'params': model.get_10x_lr_params(), 'lr': args.lr * 10}  # 分类头高学习率]optimizer = torch.optim.SGD(train_params, momentum=args.momentum,weight_decay=args.weight_decay, nesterov=args.nesterov)# 损失函数（交叉熵或Focal Loss）self.criterion = SegmentationLosses(weight=None, cuda=args.cuda).build_loss(mode=args.loss_type)self.model, self.optimizer = model, optimizer# 评估工具（计算mIoU等指标）self.evaluator = Evaluator(self.nclass)# 学习率调度（Poly策略）self.scheduler = LR_Scheduler(args.lr_scheduler, args.lr, args.epochs, len(self.train_loader))# 加载Stage1的分类模型（用于门控机制）model_stage1 = getattr(importlib.import_module('network.resnet38_cls'), 'Net_CAM')(n_class=4)resume_stage1 = 'checkpoints/stage1_checkpoint_trained_on_'+str(args.dataset)+'.pth'weights_dict = torch.load(resume_stage1)model_stage1.load_state_dict(weights_dict)self.model_stage1 = model_stage1.cuda()self.model_stage1.eval()  # 固定Stage1模型参数# GPU并行化if args.cuda:self.model = torch.nn.DataParallel(self.model, device_ids=self.args.gpu_ids)patch_replication_callback(self.model)  # 修复多GPU BatchNorm同步问题self.model = self.model.cuda()# 加载预训练权重（如DeepLab预训练模型）if args.resume is not None:checkpoint = torch.load(args.resume)# 处理分类头权重（微调时保留，否则删除）if args.ft:self.model.load_state_dict(checkpoint['state_dict'])self.optimizer.load_state_dict(checkpoint['optimizer'])else:del checkpoint['state_dict']['decoder.last_conv.8.weight']del checkpoint['state_dict']['decoder.last_conv.8.bias']self.model.load_state_dict(checkpoint['state_dict'], strict=False)# 初始化最佳mIoUself.best_pred = 0.0

2. 训练阶段 training

    def training(self, epoch):train_loss = 0.0self.model.train()tbar = tqdm(self.train_loader)  # 进度条num_img_tr = len(self.train_loader)for i, sample in enumerate(tbar):# 加载数据（图像 + 三个伪掩码）image, target, target_a, target_b = sample['image'], sample['label'], sample['label_a'], sample['label_b']if self.args.cuda:image, target, target_a, target_b = image.cuda(), target.cuda(), target_a.cuda(), target_b.cuda()# 调整学习率self.scheduler(self.optimizer, i, epoch, self.best_pred)self.optimizer.zero_grad()# 前向传播output = self.model(image)# 添加额外通道处理类别4（背景或忽略类）one = torch.ones((output.shape[0],1,224,224)).cuda()output = torch.cat([output, (100 * one * (target==4).unsqueeze(dim=1)], dim=1)# 计算多任务损失（主伪掩码 + 两种增强版本）loss_o = self.criterion(output, target)loss_a = self.criterion(output, target_a)loss_b = self.criterion(output, target_b)loss = 0.6*loss_o + 0.2*loss_a + 0.2*loss_b# 反向传播loss.backward()self.optimizer.step()# 统计损失train_loss += loss.item()tbar.set_description('Train loss: %.3f' % (train_loss / (i + 1)))# 记录TensorBoard日志self.writer.add_scalar('train/total_loss_iter', loss.item(), i + num_img_tr * epoch)# 输出epoch总结self.writer.add_scalar('train/total_loss_epoch', train_loss, epoch)print('[Epoch: %d, numImages: %5d]' % (epoch, i * self.args.batch_size + image.data.shape[0]))print('Loss: %.3f' % train_loss)

3. 验证阶段 validation

    def validation(self, epoch):self.model.eval()self.evaluator.reset()tbar = tqdm(self.val_loader, desc='\r')test_loss = 0.0for i, sample in enumerate(tbar):image, target = sample[0]['image'], sample[0]['label']if self.args.cuda:image, target = image.cuda(), target.cuda()with torch.no_grad():output = self.model(image)# 转换为CPU numpy数组pred = output.data.cpu().numpy()target = target.cpu().numpy()pred = np.argmax(pred, axis=1)# 处理类别4（设为忽略类）pred[target==4] = 4# 更新评估指标self.evaluator.add_batch(target, pred)# 计算并记录指标Acc = self.evaluator.Pixel_Accuracy()Acc_class = self.evaluator.Pixel_Accuracy_Class()mIoU = self.evaluator.Mean_Intersection_over_Union()ious = self.evaluator.Intersection_over_Union()FWIoU = self.evaluator.Frequency_Weighted_Intersection_over_Union()# 输出结果print('Validation:')print("Acc:{}, Acc_class:{}, mIoU:{}, fwIoU: {}".format(Acc, Acc_class, mIoU, FWIoU))# 保存最佳模型if mIoU > self.best_pred:self.best_pred = mIoUself.saver.save_checkpoint({'state_dict': self.model.module.state_dict(),'optimizer': self.optimizer.state_dict()}, 'stage2_checkpoint_trained_on_'+self.args.dataset+'.pth')

4. 测试阶段 test（含门控机制）

    def test(self, epoch, Is_GM):self.load_the_best_checkpoint()  # 加载最佳模型self.model.eval()self.evaluator.reset()tbar = tqdm(self.test_loader, desc='\r')for i, sample in enumerate(tbar):image, target = sample[0]['image'], sample[0]['label']if self.args.cuda:image, target = image.cuda(), target.cuda()with torch.no_grad():output = self.model(image)# 门控机制：利用Stage1的分类结果过滤分割预测if Is_GM:_, y_cls = self.model_stage1.forward_cam(image)  # Stage1的分类输出y_cls = y_cls.cpu().datapred_cls = (y_cls > 0.1)  # 类别存在性判断（阈值0.1）# 应用门控机制pred = output.data.cpu().numpy()if Is_GM:pred = pred * pred_cls.unsqueeze(dim=2).unsqueeze(dim=3).numpy()# 处理类别4pred = np.argmax(pred, axis=1)pred[target==4] = 4self.evaluator.add_batch(target, pred)# 计算并输出指标Acc = self.evaluator.Pixel_Accuracy()Acc_class = self.evaluator.Pixel_Accuracy_Class()mIoU = self.evaluator.Mean_Intersection_over_Union()print('Test:')print("Acc:{}, Acc_class:{}, mIoU:{}".format(Acc, Acc_class, mIoU))

5. 主函数 main

def main():# 解析命令行参数parser = argparse.ArgumentParser(description="WSSS Stage2")# 模型结构参数parser.add_argument('--backbone', default='resnet', choices=['resnet', 'xception', 'drn', 'mobilenet'])parser.add_argument('--out-stride', type=int, default=16)  # 输出步长（控制特征图下采样率）parser.add_argument('--Is_GM', type=bool, default=True)  # 是否启用门控机制# 数据集参数parser.add_argument('--dataroot', default='datasets/BCSS-WSSS/')parser.add_argument('--dataset', default='bcss')parser.add_argument('--n_class', type=int, default=4)# 训练超参数parser.add_argument('--epochs', type=int, default=30)parser.add_argument('--batch-size', type=int, default=20)parser.add_argument('--lr', type=float, default=0.01)parser.add_argument('--lr-scheduler', default='poly', choices=['poly', 'step', 'cos'])# 其他配置parser.add_argument('--gpu-ids', default='0')  # 指定使用的GPUparser.add_argument('--resume', default='init_weights/deeplab-resnet.pth.tar')  # 预训练权重args = parser.parse_args()# 配置CUDAargs.cuda = not args.no_cuda and torch.cuda.is_available()if args.cuda:args.gpu_ids = [int(s) for s in args.gpu_ids.split(',')]# 自动设置SyncBNif args.sync_bn is None:args.sync_bn = True if args.cuda and len(args.gpu_ids) > 1 else False# 初始化训练器并启动训练trainer = Trainer(args)for epoch in range(trainer.args.epochs):trainer.training(epoch)if epoch % args.eval_interval == 0:trainer.validation(epoch)# 最终测试trainer.test(epoch, args.Is_GM)trainer.writer.close()

关键设计解析

1. 多任务损失：

   • 目标：同时优化主伪掩码（target）及其两种增强版本（target_a, target_b），提升模型对不同噪声伪标签的鲁棒性。

   • 权重分配：主损失占60%，增强损失各占20%（0.6*loss_o + 0.2*loss_a + 0.2*loss_b）。

2. 门控机制（Gate Mechanism）：

   • 作用：在测试阶段，利用 Stage1 的分类结果过滤分割预测，仅保留分类模型认为存在的类别。

   • 实现：若 Stage1 对某类别的预测概率 > 0.1，则保留该类的分割结果，否则置零。

3. 类别4处理：

   • 背景或忽略类：在标签中，类别4可能表示背景或未标注区域，预测时直接继承真实标签的值（pred[target==4] = 4），避免错误优化。

4. 模型初始化：

   • 预训练权重：加载 DeepLab 在 ImageNet 上的预训练权重（init_weights/deeplab-resnet.pth.tar），加速收敛。

   • 分层学习率：骨干网络使用较低学习率（args.lr），分类头使用更高学习率（args.lr * 10）。

运行示例

python train_stage2.py \--dataset bcss \--dataroot datasets/BCSS-WSSS/ \--backbone resnet \--Is_GM True \--batch-size 20 \--epochs 30

总结

该代码实现了弱监督语义分割的第二阶段训练，通过多任务损失融合多级伪标签，结合门控机制提升测试精度，最终生成高精度分割模型。训练过程支持多GPU加速、Poly学习率调度及多种评估指标监控，适用于医学图像（如BCSS）或自然场景图像的分割任务。